蛋白质的进化与结构信息对亚叶绿体蛋白定位的预测

作者：项新媛; 李前忠

来源：内蒙古大学学报(自然科学版), 2013, (06): 589-596.

• 亚叶绿体定位
• 化学位移
• Gene Ontology
• PSSM
• 支持向量机 subchloroplast location
• chemical shift
• Gene Ontology
• PSSM
• support vector machine

亚叶绿体定位是蛋白质亚细胞定位更深层次的问题,对研究叶绿体蛋白质的功能及其与其他大分子的相互作用具有重要的意义.本文计算了亚叶绿体蛋白质的化学位移关联信息和蛋白质保守位点的进化信息,通过分析和讨论这些特征信息,并结合基于生物过程和分子功能的GO注释,提出了最佳组合参数,利用支持向量机算法对蛋白质亚叶绿体定位进行了预测,Jackknife检验的预测成功率达到了87.0%.同时在交叉检验和独立测试下都得到了较好的预测效果.利用本文提出的最佳组合参数有助于对未知蛋白质序列的检验,特别是对类囊体蛋白具有一定的影响.

• 出版日期2013
• 单位内蒙古大学