蛋白质构象空间局部增强差分进化搜索方法

作者：董辉; 郝小虎; 张贵军

来源：计算机科学, 2015, S2: 22-26.

• 蛋白质结构预测
• 差分进化算法
• 粗粒度能量模型
• 片段组装
• Monte Carlo Protein structure prediction
• Differential evolution algorithm
• Coarse-grained energy model
• Fragment-assembly
• Monte Carlo

针对蛋白质构象空间搜索问题,提出一种蛋白质构象空间局部增强差分进化搜索方法。在差分进化算法框架下,采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型有效降低构象空间的搜索维数,加快算法收敛速度;引入基于知识的片段组装技术可以有效提高预测精度;利用Monte Carlo算法良好的局部搜索性能对种群做局部增强,以得到更为优良的局部构象;结合差分进化算法较强的全局搜索能力,可以对构象空间进行更为有效的采样。5个测试蛋白实验结果表明,所提算法具有较好的搜索性能和预测精度。

• 出版日期2015
• 单位浙江工业大学