基于DOT的蛋白质-DNA对接研究

作者：刘董敏; 温志超; 常珊; 田绪红

来源：湖北农业科学, 2013, (23): 5889-5893.

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2013.23.007

• 蛋白质-DNA对接
• DOT
• 构象变化 protein-DNA docking
• DOT
• conformational change

采用大分子对接程序DOT对20个具有代表性的蛋白质-DNA体系进行对接,对对接结果就各打分项与体系中的带电性问题和构象变化问题之间的具体关系进行分析。结果表明,采用DOT对大部分蛋白质-DNA体系都找到了精确度较高的对接结果;范德华能和静电能对DOT组合能的贡献反映了蛋白质-DNA体系的天然特性;对接面上允许的碰撞原子个数(NB参数)与蛋白质和DNA结合前后溶剂可达表面变化面积(ASA)呈正比关系。

• 出版日期2013
• 单位华南农业大学