基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR标记开发

作者：吴欣; 沈和定; 王冬凤; 刘宸; 杨铁柱; 刁亚

来源：海洋科学, 2015, (11): 20-25.

• 里氏拟石磺
• 转录组
• 微卫星标记 Paraoncidium reevesii
• transcriptome
• microsatellite marker

为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记,使用Illumina Hiseq TM2000高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序,以所得的拼接序列为基础,利用MISA和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找,对选出的51个微卫星位点进行引物设计,经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个,研究湛江里氏拟石磺群体扩增。结果表明,其中14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数为2~4,其中观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.031 3~0.714 3和0.031 3~0.708 4,多态性信息含量(PIC)为0.089 5~0.640 5,...

• 出版日期2015
• 单位上海海洋大学