somatostatin1基因突变斑马鱼仔鱼转录组分析

作者：赵文婷; 陈洁; LOURO Bruno; 曹蕾; 马静; MARTINS Rute S.T.; CANARIO Adelino V.M.^*

来源：上海海洋大学学报, 2021, 30(05): 777-788.

• Somatostatin1
• 斑马鱼
• 代谢
• 蛋白质合成

利用CRISPR/Cas9基因编辑技术在斑马鱼中构建了可稳定遗传的生长抑素(somatostatin, SST)基因(sst1)突变体鱼系。通过比较6 dpf(days post fertilization, dpf)的sst1-/-突变体和野生型仔鱼转录组,发现sst1-/-突变体相关生化过程和信号通路发生了显著变化。相比野生型,sst1-/-突变体仔鱼中有354个基因显著上调,504个基因显著下调。GO(gene ontology)富集分析表明,大部分差异基因与氨基酸和蛋白质生物合成相关。KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集显示代谢通路、氨基酸合成、氨基酰基-tRNA合成、核糖体合成和rRNA加工相关通路表达增强。结果表明,sst1-/-突变体蛋白质生物合成和代谢过程更加活跃。RT-qPCR验证结果显示,随机选取的10个基因mRNA表达变化趋势与转录组测序结果一致,说明转录组测序结果真实可靠。6月龄突变体体质量、体长和野生型相比并无显著差异。本研究结果为进一步挖掘生长抑素基因家族的潜在功能奠定基础。

• 出版日期2021
• 单位上海海洋大学