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摘要
旨在筛选和分析禽源Klebsiella variicola引起宿主血流感染的转录组单核苷酸多态性(SNP)位点。采用转录组学测序(RNA-Seq)技术比较了Klebsiella variicola在LB肉汤培养基和SPF鸡血清中的转录组SNP,筛选出Klebsiella variicola在宿主血清中生存和发展相关的SNP位点,对筛选出的SNP的碱基变异类型和所在位置类型进行注释分析,同时对筛选出的SNP位点对应的基因进行GO富集和KEGG通路富集分析,进一步探究其功能和涉及的生物信号通路;此外,随机选取7个位于富集通路中的基因,通过荧光定量PCR比较LB组与SPF血清组各基因mRNA转录水平。结果显示,相较于LB培养条件下,在血清中的Klebsiella variicola共获得143 682个SNP位点,其中检测到单个碱基的转换(transition)有100 790个,颠换(transversion)42 890个,转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P<0.01)。此外,对获得的SNP位点所在区域进行统计发现SNP主要集中在外显子区域(131 093个)。筛选出的SNP位点对应的基因主要富集在ABC转运蛋白,二元调控系统,群体感应系统,脂多糖的生物合成等通路。荧光定量PCR结果表明相较于LB组,SPF血清组中的基因mRNA转录水平显著上调(P<0.01)。结果表明,本研究对禽源Klebsiella variicola在宿主血液环境中生存和发展的分子机制进行了初步分析和探索,为进一步研究Klebsiella variicola的致病机制提供理论依据。
- 出版日期2021
- 单位安徽省农业科学院畜牧兽医研究所
