分子模拟在黑土胡敏酸三维结构模型构建中的应用

作者：吕贻忠; 郑殷恬; 赵楠

来源：计算机与应用化学, 2011, (11): 1454-1458.

DOI：10.16866/j.com.app.chem2011.11.022

• 黑土
• 胡敏酸
• 分子模拟
• 三维结构
• AMBER力场 black soil
• humic acid
• molecular simulation
• there-dimensional structure
• AMBER force field

选取吉林省公主岭市黑土胡敏酸为研究对象,使用元素分析,红外光谱分析,~(13)C核磁共振分析3种化学分析手段对胡敏酸样品进行结构解析,利用ChemBioOffice软件搭建了土壤胡敏酸分子二维结构单体,通过将模拟光谱与实际光谱比较验证了构建的二维结构有很大的可适性,同时借助Hyperchem软件,在MM 、AMBER、OPLS,3种力场下对三维单体结构进行分子力学结构优化,优化前后键能、键角能、二面角能、范德华能、静电能及总势能皆发生变化,变化的大小及趋势没有固定规律;同时进行分子动力学模拟,黑土胡敏酸的三维结构单体在AMBER力场下的生成热最小,等于-358.72Kcal/mol,所以其构象...

• 出版日期2011
• 单位中国农业大学