口蹄疫病毒基因组3'末端序列扩增及分析

作者：李金娜; 苗书魁^*; 马文戈; 魏玉荣; 汪萍; 夏俊; 陆桂丽; 米晓云; 沙依兰·卡依扎; 王延; 魏婕; 黄炯^*

来源：新疆农业科学, 2018, 55(11): 2150-2156.

• 口蹄疫病毒
• 基因组
• 3’末端
• Poly(A)

【目的】扩增口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)O/Akesu/58 CE39A株基因组3’末端序列,并对其核苷酸序列进行分析,为FMDV反向遗传学研究奠定基础。【方法】采用普通PCR法和3’RACE法扩增FMDV基因组3’末端序列,利用分子生物学软件对该序列进行分析。【结果】扩增了口蹄疫病毒基因组3’末端序列,3’UTR长98 nt,Poly(A)长度不同(19、23、24、25、27、29、43)。3’UTR序列二级结构含有2个茎环结构,分别位于8 101～8 140和8 146～8 190 nt。O/Akesu/58 CE39A株3’UTR序列与参考毒株O/MAY/3/2014(GenBank登录号:KY322672)和O/IND26(54)/2014(GenBank登录号:KJ825807)的核苷酸序列同源性最高,均为89.8%。【结论】普通PCR法和3’RACE法均可扩增出3’末端序列。同一毒株的亚克隆,其Poly(A)长度与基因扩增时所用方法有关。不同毒株的Poly(A)长度不同,可能是毒株本身属性,也有可能是由扩增方法不同造成。Poly(A)要么扩增成功后其长度不同,要么扩增失败。失败的原因可能是3’末端结构复杂,难于扩增。

• 出版日期2018
• 单位新疆畜牧科学院; 新疆畜牧科学院兽医研究所; 新疆农业大学