侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒和火龙果X病毒基因组序列差异和遗传变异

作者：郑乾明; 王小柯; 马玉华^*

来源：西南农业学报, 2022, 35(05): 1173-1177.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2022.5.024

• 马铃薯X病毒属
• 氨基酸序列
• 序列一致性
• 遗传分化

【目的】分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)和火龙果X病毒(Pitaya virus X,PiVX)基因组序列，探讨其序列差异和遗传变异。【方法】利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品，然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基因组相关序列，进行序列组装、一致性比较、基因重组和系统进化分析。【结果】获得4条ZyVX贵州分离物和3条PiVX贵州分离物基因组近全长序列，长度分别为6570～6600和6649～6657 bp,分别覆盖参考基因组序列的99.2%～99.6%和99.3%～99.8%。4条ZyVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为96.7%～99.5%,与其他已报道分离物的序列一致性为91.4%～96.9%,其ORF编码的氨基酸序列一致性为93.8%～100%。3条PiVX贵州分离物之间基因组序列一致性为98.2%～98.5%,与其他已报道分离物序列一致性为98.0%～99.1%,其ORF编码的氨基酸序列一致性为97.8%～100%。ZyVX和PiVX贵州分离物基因重组分析表明未发现明显的重组事件，系统进化分析表明未发生明显的遗传分化。【结论】当前贵州ZyVX和PiVX群体的基因组序列一致性高，其变异均为单核苷酸变异，未发生基因重组和遗传分化。

• 出版日期2022
• 单位贵州省农业科学院