QM/MM在计算DNA与配体评分函数的准确性研究

作者：冯荣楷; 刘若云; 陈趣汶; 林凯盈; 许梦莹

来源：计算机与应用化学, 2017, 34(09): 669-672.

DOI：10.16866/j.com.app.chem201709004

• 计算机辅助药物设计
• 评分函数
• DNA-配体
• Surflex-Dock
• QM/MM

目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性。方法:从蛋白质数据库(Protein Data Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys)并计算其结合分数(binding score)。然后将得出的分数与从QM/MM计算的结合能力以Z-score和辨别力(DP)作比较。从而评估Surflex-Dock和QM/MM的准确性。结果:Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,显示Surflex-Dock的辨别力较低。结论:因QM/MM计算速度慢,本研究认为Surflex-Dock可用作快速虚拟筛选,而较准确的QM/MM则适合用于对拥有较高结合分数的化合物进行再评分(rescoring)。

• 出版日期2017