smc5基因敲除斑马鱼肝脏转录组学分析

作者：施缘萍; 朱文娇; 张昌润; 彭雅洁; 乔洁^*

来源：现代生物医学进展, 2022, 22(23): 4401-4406.

DOI：10.13241/j.cnki.pmb.2022.23.001

• CRISPR/Cas9
• 斑马鱼
• smc5
• 代谢
• 转录组测序

目的：探讨smc5基因敲除对斑马鱼肝脏基因表达谱的影响，进一步明确smc5突变对斑马鱼代谢的影响。方法：用CRISPR/Cas9技术构建smc5基因敲除斑马鱼模型，取3个月的smc5-/-和野生型斑马鱼肝脏进行转录组测序，创建基因表达谱文库，观察smc5基因敲除后斑马鱼肝脏基因表达谱的变化，将筛选出的差异表达基因进行功能富集，并运用荧光定量PCR对KEGG通路中显著的差异表达基因进行验证。结果：成功构建出7号外显子上2碱基缺失造成移码突变的smc5基因敲除斑马鱼模型。RNA-seq发现smc5-/-斑马鱼的肝脏基因表达谱变化显著，包含p53的多个通路激活，如细胞周期和凋亡。糖酵解、脂肪酸降解与代谢、丙酮酸代谢等相关通路显著下调。荧光定量PCR结果与RNA-seq结果一致。结论：smc5基因敲除下调斑马鱼肝脏糖脂代谢。本研究结果为进一步研究SMC5基因在糖脂代谢调控中的潜在机制奠定基础。

• 出版日期2022
• 单位上海交通大学医学院附属第九人民医院