电压门控钠离子通道由α亚基和β亚基组成，α亚基由四个对称的同源功能区组成，每一功能区都含有六个α螺旋膜片段（Ｓ１－Ｓ６），Ｓ５和Ｓ６间尚有二短的片段（ＳＳ１和ＳＳ２）；β１亚基为含有一个α螺旋片段和一个细胞内功能区的蛋白质。它的电压依赖性激活、失活、选择性通透、受体位点都与其结构有密切关系。
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