青檀(Pteroceltis tatarinowii)全长转录组SSR分布及其序列特征

作者：郭伟; 罗磊; 李国华; 王迎; 季霞; 周光锋; 于永畅; 孙忠奎; 程甜甜; 边晓惠; 杨波; 王新花; **

来源：分子植物育种, 2021, 1-8.

• 青檀
• 全长转录组
• EST-SSR

采用生物信息学方法对青檀（Pteroceltis tatarinowii）全长转录组中的SSR位点信息进行分析，以期为青檀SSR标记开发提供依据。利用MISA工具对全长转录组测序获得的基因序列进行SSR检索、位点信息分析。从11 801条基因序列中检索到6 524个 SSR 位点，平均距离为2.49 kb，发生频率为55.28%。单核苷酸所占比例为44.70%，优势重复单元是 A/T，占单核苷酸的99.28%。二核苷酸所占比例为19.33%，优势重复单元是AG/TC，占二核苷酸的37.67%。大部分SSR长度集中在10～25 bp之间，所占比例为77.16%。研究结果表明青檀SSR 位点类型丰富、具有较高的多态性，可为青檀SSR分子标记开发和利用、种质资源的遗传多样性分析、分子标记辅助选择育种等方面提供的理论基础。

• 出版日期2021-9-2
• 单位泰安市泰山林业科学研究院; 泰山学院