基于GEO数据库的银屑病lncRNA筛选与ceRNA网络构建

作者：范晓美; 栗铭钊; 牛牧田; 高进涛^*

来源：华夏医学, 2023, 36(02): 85-92.

DOI：10.19296/j.cnki.1008-2409.2023-02-015

• 银屑病
• 长链非编码RNA
• 竞争性内源RNA网络

目的：构建银屑病竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络，为银屑病发病机制提供生物信息学参考。方法：基于基因表达综合数据库(GEO)筛选差异表达的lncRNA并通过相关性分析找到与其相关的编码基因，进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用lncBase数据库预测lncRNA的靶向微小RNA(microRNA, miRNA);使用TargetScan数据库预测编码基因靶向miRNA;利用Cytoscape构建ceRNA网络。结果：本研究基于差异表达的lncRNA构建出6个lncRNA(LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)介导的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络，显示这些lncRNA可能通过影响细胞周期、蛋白酶体、DNA复制、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、FoxO信号通路等发挥作用。结论：差异表达的(lncRNA LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)可能作为ceRNA发挥调控功能，参与银屑病发病。

• 出版日期2023
• 单位桂林医学院