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摘要
针对蛋白质构象空间采样问题,提出了一种基于能量引导树搜索框架的动态步长构象空间搜索方法。通过蛋白质构象特征提取,将高维二面角优化空间映射到低维结构特征向量空间,有效避免了维数灾难问题;根据能量和温度测度离散化特征空间为多个能量层和温度层,并系统划分为"构象室",减小构象空间搜索范围。在不同能量层,赋予相应的片段组装步长和蒙特卡洛扰动步长,在不同温度层,采用相应Metropolis准则接收当前构象;辅以副本交换方法,增强对构象空间中稳态结构的采样能力。12个蛋白质测试结果表明,该方法可以快速有效地采样得到近天然态构象。
- 出版日期2016
- 单位浙江工业大学
