麻疯树PIN基因家族的鉴定与生物信息学分析

作者：王占军; 杨立伟; 徐忠东; 欧祖兰; 袁华玲; 任意飞; 齐璐璐; 何子昂; 陈延松

来源：分子植物育种, 2015, (05): 1111-1122.

DOI：10.13271/j.mpb.013.001111

• 麻疯树
• 生长素
• PIN基因家族
• 生物信息学 Jatropha curcas
• Auxin
• PIN gene Family
• Bioinformatics

PIN基因家族是一类调控植物生长素极性运输的重要载体元件。本研究利用功能已知的拟南芥PIN蛋白家族为参考序列,在麻疯树全基因组数据中共鉴定出9条PIN基因,并针对9条JcPIN基因开展系统的生物信息学研究,开展进化树构建和基序分析以及基因表达研究和密码子偏好性解析。结果发现:9条麻疯树PIN蛋白多属于由碱性氨基酸组成的稳定蛋白,均为位于细胞质膜上的非分泌蛋白;蛋白家族含有保守的N末端结构域,二级结构与拟南芥PIN蛋白相似;进化结果表明麻疯树PIN基因与毛果杨PIN基因家族关系最近;表达分析发现了4个可信度较高的麻疯树PIN基因,密码子偏好性分析确定了13个高频密码子,揭示了异源表达JcPIN时...

• 出版日期2015
• 单位合肥师范学院; 南京林业大学