侵染地黄的瓜类褪绿黄化病毒基因组序列克隆及系统进化分析

作者：秦艳红; 文艺; 刘玉霞; 高素霞; 王飞^*; 鲁传涛^*

来源：植物保护学报, 2023, 50(02): 359-369.

DOI：10.13802/j.cnki.zwbhxb.2023.2021165

• 地黄
• 瓜类褪绿黄化病毒
• 全基因组序列
• 系统进化分析
• 外壳蛋白

为地黄脱毒及防控瓜类褪绿黄化病毒（cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV），从河南省温县、武陟县和禹州市3个主产区采集60份具有花叶、黄化和褪绿等典型症状的地黄病叶样品，利用高通量测序技术对混合病样进行测定，利用CCYV-CPF/CPR和CCYV-P22F/P22R引物对60份样品进行反转录聚合酶链式反应（reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR）检测，并利用9对引物对侵染地黄的CCYV全基因组序列进行扩增和克隆，用DNAMAN 6.0软件对CCYV的分子变异进行分析，利用MEGA X 10.0软件构建系统发育树。结果显示，60份地黄病叶样品中检测出了蚕豆萎蔫病毒2(broad bean wilt virus 2,BBWV2)、地黄花叶病毒（Rehmannia mosaic virus,ReMV）、油菜花叶病毒（youcai mosaic virus,YoMV）和CCYV等病毒；在60份样品中，有22份样品中检测到CCYV，检出率为36.7%;21个地黄分离物之间的CP基因核苷酸和氨基酸序列一致率分别为99.3%～100.0%和98.4%～100.0%，与其他分离物之间的CP基因核苷酸和氨基酸序列一致率分别为94.6%～100.0%和96.8%～100.0%,17个地黄分离物之间的P22基因核苷酸和氨基酸序列一致率分别为98.4%～100.0%和96.3%～100.0%，与其他分离物之间的P22基因核苷酸和氨基酸序列一致率分别为96.1%～100.0%和94.1%～100.0%；基于CP和P22基因核苷酸序列的系统发育树结果显示，CCYV不同分离物形成2个分支。CCYV地黄分离物的基因组包含RNA1和RNA2两个组分，全长分别为8 607 nt和8 041 nt，共编码12个蛋白；CCYV地黄分离物基因组高度保守，与其他分离物基因组RNA1和RNA2的核苷酸一致率均为99.7%～100.0%，基于基因组的系统发育树结果显示，CCYV地黄分离物的核苷酸序列与其他寄主上CCYV分离物的核苷酸序列聚为一个分支，而与毛形病毒属Crinivirus的其他病毒分开。

• 出版日期2023
• 单位植物保护研究所; 河南省农业科学院