土壤宏基因组学研究方法与进展

作者：贺纪正; 袁超磊; 沈菊培; 张丽梅

来源：土壤学报, 2012, (01): 155-164.

• 宏基因组学
• 研究方法
• 第二代测序平台
• 微生物生态学
• 土壤环境 Metagenomics
• Research methods
• Next-generation sequencing
• Microbial ecology
• Soil environment

土壤微生物驱动着土壤中的物质循环和养分转化。在土壤学的研究中,长期将土壤作为一个黑箱系统来对待,对其中的生物组成及其参与的生化过程知之甚少。土壤中绝大部分微生物目前尚难以分离培养,因此基于传统的培养方法对于认识土壤微生物群落组成和功能有其局限性。宏基因组学直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,或通过测序探究环境中微生物的群落结构和功能(序列驱动),或构建宏基因组文库,筛选新的基因或生物活性物质(功能驱动),克服了传统培养方法的缺陷,极大地丰富了对土壤微生物多样性及其功能的认知。本文在综述土壤宏基因组学研究基本流程的基础上,重点介绍了日益重要的第二代测序平台在土壤宏基因组学研究中的应用及其产生...

• 出版日期2012
• 单位中国科学院生态环境研究中心; 中国科学院大学