柯乐猪DSP基因SNP鉴定及其与繁殖性状的关联分析

作者：向进; 王春源; 吴燕; 谭元成; 杨酸; 张依裕^*

来源：中国畜牧杂志, 2023, 59(08): 95-102.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20230630-07

• 柯乐猪
• DSP基因
• 单核苷酸多态性
• 繁殖性状
• 关联分析

本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白（Desmoplakin,DSP）基因单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪，利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点，并采用SPSS22.0软件中的一般线性模型（GLM）对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明，在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点，在第14外显子发现3个SNP位点：g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A，在第14内含子发现6个SNP位点：g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及g.4897776C>T与g.4897943G>T、g.4897991T>C位点之间均存在强连锁不平衡。统计分析显示，g.4897943G>T位点对断奶均重的影响达到显著水平。对外显子的SNP位点进行单倍型分析，发现单倍型5种、双倍型10种，其中双倍型个体H1H2(AGCCAG)总产仔数、断奶仔猪数和断奶窝重均显著大于H2H4(AGCCAA)个体；H1H5(AGCCGG)的初生窝重显著大于H2H4(AGCCAA)个体；H4H4(GGCCAA)的初生均重显著大于H1H2(AGCCAG)个体。通过分析单倍型mRNA二级结构发现，单倍型H2(ACA)、H4(GCA)、H5(ACG)均引起了DSP基因mRNA二级结构改变，可能会影响转录和翻译效率，进而影响猪繁殖性能。综上，DSP基因可以作为柯乐猪繁殖性状选择的分子标记。

• 出版日期2023
• 单位贵州大学; 动物科学学院