基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究

作者：孔啸兰; 张帅; 陈作志^*; 林昭进; 蒋佩文; 江艳娥

来源：海洋学报(中文版), 2023, 45(03): 52-65.

• COⅠ基因
• 12S rRNA基因
• 鱼卵和仔稚鱼
• DNA条形码

采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码，分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征，并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个，成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种（2种未鉴定到种）。其中，以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多，种类数占比为51.6%，数量占比为47.91%；其次为鲱形目（Clupeiformes），种类数占比为25%，数量占比为34.56%。优势种10种，其中凤鲚（Coilia mystus）优势度最高，为0.071；棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）最低，为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示，鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率（95.60%）明显高于COⅠ基因（43.22%）。遗传距离和ABGD分析显示，COⅠ基因种内遗传距离为0～0.005（平均0.003），种间遗传距离为0.061～0.376（平均0.253），两者间存在明显的“条形码间隙”，ABGD划分结果与数据库比对结果一致；12S r RNA基因种内遗传距离为0～0.011（平均0.007），种间遗传距离为0.007～0.487（平均0.283），龟（Chelon haematocheila）和前鳞龟（Chelon affinis）种间遗传距离与种内遗传距离不形成“条形码间隙”，ABGD将其划分为同一种。系统发育分析显示，在种的分类阶元，所有物种均能聚为独立分支，得到有效区分。综上，线粒体COⅠ和12S rRNA条形码可有效鉴定珠江口大多数鱼卵和仔稚鱼，但是COⅠ基因扩增成功率较低，12S rRNA基因部分近缘物种存在区分困难的情况，两种基因结合使用更能提高鱼卵和仔稚鱼种类鉴定的成功率和准确性。

• 出版日期2023
• 单位中国水产科学研究院南海水产研究所; 南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）