问号钩端螺旋体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学分析

作者：丁士标; 肖国辉; 孔亮亮; 严杰; 林旭瑷

来源：中国人兽共患病学报, 2016, 32(02): 109-113.

DOI：10.3969/j.issn.1002-2694.2016.02.002

• 问号钩端螺旋体
• 环二鸟苷酸
• 鸟苷酸环化酶
• 磷酸二酯酶

目的分析问号钩端螺旋体(钩体)环二鸟苷酸(Cyclic dimeric-GMP,c-di-GMP)调节相关的GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学结果,为后续的功能研究奠定基础。方法 PSI-BLAST方法分析编码GGDEF和EAL/HDGYP结构域蛋白的基因;利用相应生物信息学软件对蛋白信号肽序列、跨膜序列、蛋白结构、同源性进行分析并构建目的蛋白进化树。结果问号钩体中22个蛋白分别含有GGDEF或EAL/HD-GYP结构域,多数蛋白均有感受器结构域和跨膜区。7个具有PAS输入感受器的GGDEF结构域蛋白进化较为独立,位于单独的一个分支,其余6个GGDEF结构域蛋白则分散在不同的分支上。4个EAL结构域蛋白和2个HD-GYP结构域蛋白进化上也较为独立,分别处于同一进化分支。3个GGDEF和EAL结构域耦合的蛋白在进化关系上更趋向于PDE活性蛋白。结论钩体具有多拷贝的合成和降解c-di-GMP相关蛋白编码基因,表明在钩体中c-di-GMP网络具有高度复杂性,同时反映出钩体对环境条件的改变具有复杂的应对机制。

• 出版日期2016
• 单位杭州市红十字会医院; 浙江大学