麻风树EST-SSR的筛选和分析

作者：林元震; 郭海; 刘纯鑫; 黄少伟; 彭昌操; 陈晓阳

来源：安徽农业科学, 2010, (11): 5551-5552.

DOI：10.13989/j.cnki.0517-6611.2010.11.100

• 麻风树
• EST-SSR Jatropha curcas heat stress
• cDNA library
• EST-SSR

[目的]开发麻风树EST-SSR标记,为遗传多样性分析、种质资源鉴定等研究提供理论依据。[方法]以麻风树EST序列为材料,运用CAP3软件对EST序列进行组装后,再运用SSRIT软件进行EST-SSR标记的预测。[结果]麻风树13193条EST序列经组装后获得6281个UniGene,其中1367个Contig,4914个Singleton。利用SSRIT在线软件对UniGene分析得到206条EST-SSR。拼接后的Unigene含有SSR位点的频率为3.28%,麻风树EST-SSR的发生频率为1/29kb。这些EST重复基元中,三核苷酸重复和二核苷酸重复最多,分别占24.76%和21.84...

• 出版日期2010
• 单位华南农业大学