尖孢镰刀菌基因组SSR位点分析

作者：吕艺瑶; 李新凤; 王雪梅; 王建明

来源：山西农业大学学报(自然科学版), 2016, (03): 176-181.

DOI：10.13842/j.cnki.issn1671-8151.2016.03.006

• 尖孢镰刀菌
• 基因组
• SSR Fusarium oxysporum
• Genome
• SSR

为明确尖孢镰刀菌基因组中SSR位点的分布特点,本研究利用生物信息软件SSRIT对7条已公布的尖孢镰刀菌染色体基因组序列中的SSR位点进行了搜索,并用Excel软件对其进行统计分析。结果表明:基因组中7条染色体共有860个SSR位点,平均每条染色体出现122个SSR位点,大约每44.2kb出现一个长度不小于18bp的SSR位点。其中四、五核苷酸重复为主要重复类型,占全部SSR的比例分别为23.84%和32.56%;435种重复基元的分布情况存在差异,基元为ACAA/TTGT出现次数最多,为33次,其次为CAAA/TTTG,出现32次。说明尖孢镰刀菌基因组中含有丰富的SSR位点,为Genomic-...

• 出版日期2016
• 单位山西农业大学