氨基酸自身及氨基酸替代的邻近效应研究

作者：傅明川

来源：博士, 西北农林科技大学, 2014-10-01.

• 氨基酸
• 氨基酸替代
• 邻近效应
• 相对熵
• 组成偏好 amino acid
• amino acid substitution
• neighboring-site effect
• relative entropy
• composition preference

邻近效应是指蛋白质序列中氨基酸及氨基酸替代的邻近位点存在组成偏好。对于氨基酸替代，邻近效应也表现为邻近位点组成会影响氨基酸替代的类型。邻近效应作为氨基酸及氨基酸替代的重要特性，对维持蛋白结构和功能的稳定具有重要作用。本论文以邻近效应为中心，通过以下四个部分研究，深入分析了蛋白质序列中氨基酸自身以及氨基酸替代的邻近效应。 第一部分：利用相对熵的原理和方法，分析了人类蛋白质组中20种氨基酸各自的邻近效应。结果表明：（1）绝大多数氨基酸的最高相对熵值出现在N端和C端方向第1-2个邻近位点中，说明这些位点存在最大的组成偏好。（2）半胱氨酸和甘氨酸表现出特殊的邻近效应。其中，半胱氨酸邻近位点的最高...

• 出版日期2014-10-1