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摘要
目的通过对与黑色素瘤转移相关的基因芯片进行生物信息学分析,为探索黑色素瘤转移的分子机制提供理论依据。方法从公共基因数据库(GEO)中下载与黑色素瘤转移相关的基因芯片数据,经数据预处理后,分别通过BRB-Array Tools软件、DAVID在线分析软件、STRING在线数据库和Cytoscape软件进行差异表达基因的筛选、功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析并计算网络及各个节点的拓扑特性。结果 BRB分析筛选出196个黑色素瘤转移差异表达基因,其中上调133个,下调36个,DAVID分析发现其主要集中在角质形成细胞分化、组织细胞间黏附、肥大细胞分化等生物学过程和Rap1信号通路、p53信号通路、谷胱甘肽代谢等通路。STRING分析发现了蛋白质网络互作图中的9个关键基因,分别为KRT14、KRT16、KRT1、EGFR、KIT、DSP、DSG1、PKP1、KLK7。结论通过生物信息学的方法对黑色素瘤转移相关基因芯片数据进行2次挖掘,为进一步研究黑色素瘤转移的相关机制提供了理论依据。
- 出版日期2017
- 单位上海交通大学
