拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因

作者：欧阳峰正; 王立刚; 岳静伟; 颜华; 张龙超; 侯欣华; 刘欣; 王立贤

来源：畜牧兽医学报, 2020, 51(07): 1515-1524.

• 大白×民猪F2代猪群体
• 拷贝数变异
• 数量性状基因座
• 体高
• 全基因组关联分析

旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions, CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus, QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test, PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3 099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25 358 001～26 696 400 bp处(CNVR1)和54 087 201～54 090 000 bp处(CNVR2)。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P<0.01)和CNVR2拷贝数缺失(P<0.01)对猪的体高性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。

• 出版日期2020
• 单位中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 农业部