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摘要
目的 生物信息学方法分析肝细胞癌（HCC）中差异表达的lncRNA、miRNA和m RNA并构建相关调控网络。方法 采用R软件分析癌症基因组图谱（TCGA）数据库中374例HCC组织与50例癌旁组织中差异表达的基因，FunRich软件分析差异表达miRNAs的转录因子，FunRich软件结合Starbase和MiRDB数据库分析miRNAs的靶基因，预测的靶基因与差异表达的mRNAs进行交叉匹配；通过基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对m RNAs和miRNAs进行功能富集分析；使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作图（PPI）;Starbase数据库分析miRNAs的上游lncRNAs,Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果 共筛选出差异表达的lncRNAs 2850个、miRNAs 38个、m RNAs 4455个；38个差异表达的miRNAs预测到201个转录因子，其中EGR1差异最显著；预测得到的m RNAs与差异表达的m RNAs取交集获得286个候选靶基因，与差异表达的miRNA-mRNA匹配后，最后筛选出交叉表达负调控的miRNAs 12个和m RNAs 108个；GO分析显示38个miRNAs生物过程（BP）主要参与血管内皮细胞和增殖迁移的调节，分子功能（MF）主要涉及mRNA结合参与转录后基因沉默；108个mRNAs的BP主要涉及胚胎器官发育、MAP激酶活性的调节，MF主要参与DNA结合转录激活物活性；KEGG通路中miRNAs主要参与对癌症的作用，mRNAs主要调节干细胞多能性。12个miRNAs的上游lncRNAs 221个，与差异表达lncRNAs交叉匹配后获得交叉表达负调控的miRNAs 2个和lncRNAs 5个，与匹配的m RNAs构建lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络。结论 通过生物信息学对HCC中差异基因和关键基因进行分析，筛选出差异表达的lncRNAs 5个、miRNAs 2个、mRNAs 108个，成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，为阐明肝细胞癌的早期诊断和预后监测标志物提供依据。
- 出版日期2023
- 单位基础医学院; 华北理工大学
