荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

作者：孙清明; 马文朝; 马帅鹏; 赵俊生; 白丽军; 陈洁珍; 蔡长河; 向旭; 欧良喜

来源：中国农业科学, 2011, (19): 4037-4049.

DOI：10.3864/j.issn.0578-1752.2011.19.014

• 荔枝
• EST
• SSR Litchi chinensis Sonn.
• EST
• SSR

【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...

• 出版日期2011
• 单位华南师范大学; 华南农业大学; 广东省农业科学院果树研究所; 农业部