桉树EST-PCR产物测序方案的优化

作者：张晓红; 李发根; 王宇; 徐立安; 李梅; 甘四明

来源：基因组学与应用生物学, 2009, (03): 535-543.

• 桉树
• 表达序列标签
• PCR产物纯化
• 重测序 Eucalyptus
• EST(expressed sequence tag)
• PCR product purification
• Re-sequencing

EST-PCR产物测序是EST标记开发的重要步骤。本研究利用乙醇-醋酸钠法、清洁试剂盒、虾碱磷酸酶(SAP)-核酸外切酶Ⅰ(ExoⅠ)法和凝胶回收试剂盒4种方法,对6个桉树EST-PCR产物的纯化效果和测序结果进行了比较,推荐乙醇-醋酸钠法为首选的纯化方法;利用测序试剂盒Bigdye TerminatorV3.1,对1/2、1/4、1/8、1/16和1/32标准用量(8.0μL)的测序结果的分析表明,1/16和1/32用量仍可有效测序,均可作为优先的测序试剂用量。同时,也发现EST-PCR扩增谱带单一、明亮的序列与设计的目标EST具有较好的同源性,开发SNP和Indel标记的潜力极大,但较弱的...

• 出版日期2009
• 单位南京林业大学; 中国林业科学研究院热带林业研究所