SNP位点rs6858698对慢性淋巴细胞白血病易感性的影响

作者：武佳玉; 刘松; 王晓月

来源：基础医学与临床, 2018, 38(05): 679-685.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2018.05.018

• rs6858698
• CRISPR
• RNA-seq
• 慢性淋巴细胞白血病

目的探讨rs6858698位点的功能活性及其对慢性淋巴细胞白血病易感性的影响。方法双荧光素酶报告基因系统检测含有rs6858698位点的DNA片段的调控活性。利用CRISPR/Cas9系统在HEK293T细胞内构建点突变的稳定细胞株。全转录组测序分析(RNA-seq)不同基因型的细胞株之间的基因表达差异情况。并用实时定量PCR(RT-q PCR)和CRISPR干扰实验(CRISPRi)对RNA-seq的结果进行验证。结果 rs6858698-C DNA片段的调控活性约是rs6858698-G DNA片段的调控活性的1.69倍。转录组测序分析在两种基因型的细胞中共鉴定出140个差异表达的基因(P<0.05),其中有87个基因表达下调,53个基因表达上调。差异表达基因主要富集在9个生物学过程。RT-q PCR和CRISPRi实验的验证结果与RNA-seq的结果一致。结论 SNP位点rs6858698具有调控功能,可以通过影响与表观修饰相关的基因的表达,进而影响个体对慢性淋巴细胞白血病的易感性。

• 出版日期2018
• 单位中国医学科学院基础医学研究所; 北京协和医学院