翘嘴鳜转录组测序及SSR新标记的开发与应用

作者：孙海林; 孙成飞; 董浚键; 田园园; 胡婕; 叶星^*

来源：基因组学与应用生物学, 2019, 38(10): 4413-4421.

DOI：10.13417/j.gab.038.004413

• 翘嘴鳜
• 转录组
• SSR
• 遗传多样性

为探讨翘嘴鳜转录组测序及SSR位点的分布和序列特征,为翘嘴鳜的SSR新标记开发及遗传研究提供便利,本研究利用高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500对翘嘴鳜(Sinipreca chuatsi)肌肉组织进行转录组测序及数据组装和分析,并对获得的Unigenes进行SSR检索和分析。研究共获得41 533 736条高质量Reads,组装为138 728条平均长度为808.94 bp的非冗余Unigenes,其中57 009条(41.09%) Unigenes至少于4个蛋白数据库(Nr, Swissprot, KEGG和COG)中的一个库内获得注释,7 125条(5.14%) Unigenes在4个数据库中均获得注释。采用Misa、mreps和trf软件对上述138 728条Unigenes进行检索,3个软件均能检索到的SSR位点共4 692个,分布于4 662条Unigenes,出现频率为3.36%。其优势重复基元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占转录组总SSR的62.66%、24.87%、10.83%。二核苷酸重复基元中又以AC (CA)/GT (TG)为优势重复基元,三核苷酸重复基元则以AGG (GGA, GAG)/CCT (CTC, TCC)为主。使用Primer 5.0对这4 962条SSR序列进行引物设计,随机选取80对进行扩增有效性和产物多态性检验。结果显示41对引物可以扩增得到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为51.25%;其中23对可扩增得到稳定可重复的多态性产物。利用此23个SSR位点对24份翘嘴鳜材料进行遗传参数分析,期望杂合度(He)和多态信息含量(I)分别为0.198～0.888和0.175～0.857。本研究结果表明,翘嘴鳜转录组测序产生的Unigenes信息既可实现批量功能基因的挖掘,也可作为SSR标记开发的有效来源;新开发的翘嘴鳜SSR位点可应用于翘嘴鳜的遗传多样性分析、种质资源保护以及遗传育种等研究。

• 出版日期2019
• 单位中国水产科学研究院珠江水产研究所; 上海海洋大学; 生命学院