基于16S rRNA测序分析CRE定植对ICU患者肠道微生物的影响

作者：康佳; 赵志军; 贾伟^*

来源：中国感染控制杂志, 2023, 22(10): 1239-1245.

• 肠道微生物
• CRE
• 定植
• 16S rRNA测序
• 重症监护病房
• ICU

目的 采用16S rRNA测序方法分析耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)定植对重症监护病房(ICU)患者肠道微生物的影响。方法 收集ICU患者新鲜粪便或肛拭子标本，接种于含有2μg/mL厄他培南的MacConkey平板上培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对菌株进行鉴定，纸片扩散法对菌株进行药敏分析，采用聚合酶链式反应(PCR)对初步筛查出的CRE菌株进行16S rDNA片段扩增，采用微量肉汤稀释法进一步确定CRE。最后，分别提取CRE定植组与非定植组患者的粪便或肛拭子标本基因组DNA在HiSeq平台进行16S rRNA测序分析。结果 共收集ICU患者粪便或肛拭子标本241份，其中CRE阳性标本17份。16S扩增子V3～V4区测序共分离到726 OTUs, CRE未定植组有631 OTUs, CRE定植组有480 OTUs,两组间共有385 OTUs。这些共有OTUs绝大多数属于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门及放线菌门。在纲水平上，CRE定植前后γ-变形菌纲(W=193.000,P<0.001,FDR=0.004)和互营养菌(W=37.500,P=0.001,FDR=0.018)相对丰度差异有统计学意义。在种水平上，两组间肺炎克雷伯菌(W=195.000,P<0.001)、解糖肠球菌(W=153.000,P=0.038)及弯曲杆菌(W=63.500,P=0.050)比较差异有统计学意义。未发现肠道CRE定植对ICU患者肠道微生物KEGG功能通路有显著影响。结论 CRE定植会降低ICU患者肠道微生物的多样性，CRE定植组在肺炎克雷伯菌、解糖肠球菌及弯曲杆菌的丰度上与非定植组存在显著差异。

• 出版日期2023
• 单位宁夏医科大学总医院