短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析

作者：姜毅; 罗野婯; 刘沅; 郑新娟; 孙远东; 袁志栋

来源：生命科学研究, 2013, (04): 283-291.

DOI：10.16605/j.cnki.1007-7847.2013.04.013

• miRNA
• BLAST
• 比较基因组学
• 短尾负鼠 miRNA
• BLAST
• comparative genomics
• Opossum

目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均...

• 出版日期2013
• 单位湖南科技大学