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摘要
在最少错误更正模型的基础上,提出一种重建单体型的启发式算法H-MEC。按照单体型的单核苷酸多态性(SNP)位点顺序依次构建算法步骤,根据某SNP位点取值将覆盖该SNP位点的片段划分为2个集合,利用包含片段数较多集合中的片段进行重建。使用HapMap计划发布的CEPH样本中的60个个体,在1号染色体的单体型上进行实验。结果表明,H-MEC算法在各种参数设置下,能获得较Fast Hare算法和DGS算法更高的单体型重建率。此外,该算法在重建长单体型时也具有较高的执行效率。
- 出版日期2013
- 单位广西师范大学
