竹黄菌Ku70基因全长克隆及序列分析

作者：黄青青; 任锡毅; 谭玉梅; 魏洪美; 乙引; 刘永翔

来源：基因组学与应用生物学, 2015, 34(12): 2593-2600.

DOI：10.13417/j.gab.034.002593

• 竹黄菌
• Ku70基因
• RACE

为构建竹黄菌高效敲除载体,以利于竹黄菌基因功能及竹黄菌与寄主竹子之间的相互关系的研究,利用RT-PCR(reverse transcriptase-PCR)及RACE(rapid amplification of c DNA ends)技术克隆获得Ku70基因全长序列,命名为s Ku70。序列分析显示:该序列基因全长为2 306 bp,开放阅读框长度为1 974 bp,编码657个氨基酸,分子质量为73.940 5 k D,理论等电点p I为5.58;序列同源性分析表明:该基因序列和预测的蛋白序列与小麦叶枯病菌SN15(Phaeosphaeria nodorum SN15)的Ku70 m RNA序列(XM001803174.1)及ATP依赖的DNA解旋酶亚基Ⅱku70(Q0U5F2.1)同源性最高,identity分别75%和78%。二级结构预测表明Ku70蛋白α-螺旋(alpha helix)占36.99%,延伸链(extended strand)占17.05%,无规卷曲(random coil)占36.23%;包含一个Ku-core domain、一个Von Willebrand factor type A(v WA)domain和一个SAP domain,为亲水蛋白;并利用同源模建的方法预测了其三级结构。

• 出版日期2015
• 单位贵州省生物技术研究所; 贵州师范大学