基于生物信息学的胃癌关键基因鉴定与预后分析

作者：黄泽谊; 申晓慧; 杨长青^*

来源：现代消化及介入诊疗, 2023, 28(04): 421-426.

• 胃癌
• 生物信息学
• 关键基因
• 生物标志物

目的 胃癌是人类最常见的恶性肿瘤之一，其发病率、死亡率高，五年总体生存率低于30%,因此迫切需要鉴定新的诊断和预后生物标志物。本文旨在利用生物信息学方法寻找与胃癌发生发展相关的关键基因及信号通路。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)下载胃腺癌基因表达谱芯片，利用生物信息学技术及相关软件对GSE174237、GSE122796数据集进行差异表达分析并获取交集差异基因(Differentially expressed genes, DEGs),然后对DEGs进行富集和功能注释。利用STRING数据库构建DEGs的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network, PPI network),并通过Cytoscape软件及其插件分析PPI网络中的关键基因。使用基因表达谱交互式分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)数据库、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)数据库、Kaplan-Meier plotter数据库和肿瘤免疫评估资源库(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库进一步探索关键基因。结果 共筛选出136个重叠差异基因(DEGs),DEGs主要和蛋白质消化吸收、局灶性黏附、化学致癌等途径有关。经PPI网络分析，获得10个关键基因，使用Kaplan-Meier plotter在线数据库对关键基因进行生存预后分析，筛选出9个与胃癌预后相关的核心基因，它们分别为COL1A1、THBS2、COL11A1、COL6A3、ADAMTS2、BGN、COL8A1、ACAN、THY1。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库显示绝大多数关键基因在胃癌中高表达，且高表达与胃癌患者的不良预后相关。TIMER数据库显示绝大多数关键基因与免疫浸润相关。结论 使用生物信息学的方法鉴定出的9个基因可能是胃癌发生发展相关的关键基因，可能成为胃癌早期诊断和靶向治疗的生物标志物。

• 出版日期2023
• 单位长治医学院附属和平医院