杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释

作者：李铁柱; 杜红岩; 刘慧敏; 乌云塔娜; 王淋; 叶生晶

来源：中南林业科技大学学报, 2012, (10): 9-17.

DOI：10.14067/j.cnki.1673-923x.2012.10.017

• 杜仲
• 幼果
• 成熟果实
• 转录组
• 基因功能 Eucommia ulmoides
• young fruits
• mature fruits
• transcriptome
• gene ontology

对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367 nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Un...

• 出版日期2012
• 单位中国林业科学研究院; 中南林业科技大学