hsa-miR-105的靶基因预测及生物信息学分析

作者：郭萍; 曹文君; 任晨霞; 麻丽霞; 郭颖

来源：长治医学院学报, 2018, 32(01): 1-7.

• hsa-miR-105
• 生物信息学
• 靶基因
• 信号通路

目的:对hsa-miR-105进行靶基因、功能富集分析(GO分析)、信号通路富集分析、靶基因编码蛋白相互作用分析及与LncRNAs之间联系枢纽等生物信息学分析,为后续研究其功能提供线索。方法:通过UCSC基因组浏览器、miRbase数据库、TargetScan、miRanda、MicroT-CD软件、miRTarBase数据库、GeneOntology数据库、KEGG信号转导通路、STRING数据库及LncBase V.2软件等在线工具分析hsa-miR-105序列及保守性,预测其靶基因,对预测的靶基因进行GO富集分析、KEEG通路富集分析和靶基因编码蛋白分析,预测与hsa-miR-105相关的长链非编码RNA(LincRNA)的基因。结果:hsamiR-105序列在各物种间高度保守;GO分析发现hsa-miR-105靶基因功能主要富集在细胞氮化物代谢、生物合成过程、TRK受体信号通路中的神经营养和Fc-epsilon受体信号通路等方面(P<0.05),KEGG通路分析涉及的信号通路主要有氨基酸的生物合成、调控干细胞多功能性的信号通路和急性骨髓白血病等(P<0.01);蛋白互作显示编码蛋白间存在复杂的相互作用,且编码蛋白在互作网络中起到稳定结构的作用;与hsa-miR-105相关的长链非编码RNA(LincRNA)的基因有CASC7、H19和NEAT1。结论:hsamiR-105可能参与肿瘤发生、发展等重要的生物学过程及调控机制,为进一步实验验证提供了线索。

• 出版日期2018
• 单位中心实验室; 长治医学院