蜡梅转录组EST-SSR标记开发与引物筛选

作者：李响; 杨楠; 赵凯歌; 陈玉星; 唐锐君; 陈龙清

来源：北京林业大学学报, 2013, S1: 25-32.

DOI：10.13332/j.1000-1522.2013.s1.010

• 蜡梅
• EST-SSR
• 分子标记
• 转录组测序 Chimonanthus praecox
• EST-SSR
• molecular markers
• transcriptome sequencing

从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...

• 出版日期2013
• 单位园艺植物生物学教育部重点实验室; 华中农业大学