全基因组分析揭示A组肠道病毒型间重组的复杂模式

作者：宋娟; 肖金波; 韩俊; 张勇^*

来源：病毒学报, 2019, 35(03): 454-460.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003537

• A组肠道病毒(EV--A)
• 手足口病(HFMD)
• 全基因组序列分析
• 基因重组
• 重组供体

A组肠道病毒(Enterovirus A,EV-A)是手足口病的主要病原体。基因组流行病学将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合,可快速对致病病原体进行鉴定和溯源。基因重组是肠道病毒进化的驱动力之一。本研究以EV-A的基因组为研究对象,对其进行重组特点分析,为基于EV-A基因组的手足口病病原体溯源技术体系提供基础资料。本研究以GenBank中全部1 180条EV-A的全长基因组序列为研究对象,为降低序列的冗余性和减少计算强度,对序列进行整理,剔除核苷酸相似性>98%的序列,构建包含346条EV-A代表性全基因组序列的数据库,对EV-A不同血清型全基因组的重组形式和重组热点进行了研究。利用T-RECs软件,对上述346条EV-A全基因组序列进行基因重组分析,并应用Simplot软件进行验证。结果显示,EV-A衣壳编码区未发生基因重组,而在整个P2区和P3区均发生了高频率的重组事件,尤其P2区的2A区是重组热点。尽管EV-A中有21个血清型,但只有少数血清型作为频繁的重组供体发挥着核心作用,其中肠道病毒A组71型和柯萨奇病毒A组6型是EV-A的最主要的重组供体。本研究凸显了全基因组序列分析在EV-A溯源中的重要作用,随着基因组学技术、生物信息学以及大数据管理技术的迅速发展,可对海量全基因组序列数据进行加工整理,准确进行病毒溯源,洞悉病原体进化过程,发现其毒力和致病因子、耐药基因,从而为病毒病"精准防控"提供理论依据。

• 出版日期2019
• 单位中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 传染病预防控制国家重点实验室