欧李CKX基因家族的鉴定及表达分析

摘要

为深入了解细胞分裂素脱氢酶（CKX）基因家族在欧李基因组中的特征，本研究利用生物信息学的方法对CKX基因家族进行鉴定，并对其系统发育、染色体定位、基因结构、蛋白保守基序、顺式作用元件和组织表达模式等进行分析。结果表明：从欧李基因组中共鉴定出6个CKX家族基因，且都具有Cytokin-bind和FAD＿binding＿4结构域，蛋白长度为518～563 aa，分子量为58.08～63.63 kD，等电点为5.38～6.9，其不均匀地分布在欧李的3条染色体上；ChCKX蛋白二级结构均由α-螺旋、β-折叠、延伸链、无规则卷曲四部分组成；亚细胞定位6个ChCKX蛋白中有2个位于细胞质中，4个位于质膜中；ChCKX2基因具有4个外显子，其余成员都具有5个外显子；6个ChCKX蛋白质序列都包含motif 1～10的保守基序且保守基序的数量和排列次序一致；系统进化树上CKX基因家族可分为4组，每组都含有不同数量的基因；启动子顺式作用元件分析表明，本基因家族主要响应光照、低温、干旱、玉米蛋白代谢、激素等多种因子；ChCKX家族中成员在不同品种和不同组织中差异表达，ChCKX2在叶片中的表达量最大，而ChCKX1在花后14周的果实中表达量最大。本研究结果为进一步研究欧李CKX基因家族的生物学功能与利用奠定基础。

关键词