柯萨奇病毒B组3型天津分离株的全基因组特征分析

作者：庄志超; 雷玥; 胡华清; 谭昭麟; 刘杨; 田宏; 李晓燕

来源：中国热带医学, 2023, 23(10): 1114-1121.

DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r.2023.10.18

• 柯萨奇病毒B组3型
• 天津分离株
• 全基因组特征
• 重组
• 污水监测

目的 对天津市柯萨奇病毒B组3型（Coxsackievirus B3, CVB3）分离株进行基因分型及全基因组特征分析，完善天津市CVB3病毒进化信息，为相关疾病的监测预警提供依据。方法 对在天津分离到的5株CVB3毒株提取病毒RNA，通过反转录酶-聚合酶链锁反应（reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR）扩增病毒全基因组序列，使用二代测序方法进行全基因组序列测定，对病毒全基因组序列进行系统进化与重组分析。结果 本研究中5株CVB3毒株开放阅读框1(open reading frame,ORF)均含有6 555个核苷酸，编码2 185个氨基酸，ORF2均由编码68个氨基酸大小的序列构成。核苷酸序列相似性为78.3%～100%，氨基酸序列相似性为95.7%～100%。而5株病毒与病毒原型株相比，核苷酸序列相似性为78.2%～79.1%，氨基酸序列相似性为94.9%～95.3%。5株病毒均在VP2蛋白上出现T151A位点突变，此外脑炎分离株还存在VP2蛋白K158E位点突变，1株生活污水分离株在5’非编码区存在C234T突变。5株病毒分属2个不同基因型，其中2016年的脑炎分离株属于D基因型，而2021年的外环境生活污水分离株属于E基因型，这也是我国北方地区首次报道E基因型CVB3。本研究的CVB3毒株在非结构蛋白区可能存在重组事件，其中脑炎分离株可能与1株柯萨奇病毒B组5型（Coxsackievirus B5, CVB5）毒株发生重组，而生活污水分离株与1株埃可病毒18型（ECHO virus 18, E18）毒株存在重组事件。结论 天津市CVB3分离株分属D与E基因型，病毒基因组在非结构蛋白区可能存在重组事件。外环境生活污水中CVB3病毒基因组分析结果提示天津市人群有CVB3感染存在，同时其流行优势基因型可能发生了转变。

• 出版日期2023