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摘要
目的依据肠道病毒分子分型的基本原则(基于VP1区全长核苷酸序列差异界值15%～25%), 科学建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)的分子分型标准。方法本研究依托中国手足口病实验室网络, 将来自中国大陆2001—2021年间分离出的69株CVB5采用逆转录-聚合酶链反应扩增全长VP1编码区, 并进行核苷酸序列测定和分析;同时下载并筛选GenBank中截至2022年2月16日的742条CVB5全长VP1编码区核苷酸序列(849个核苷酸)。使用MEGA 7.0软件进行序列比对及构建基于最大似然法的基因进化树, 自展值设定为1 000, 进行CVB5分子分型标准的研究。结果 69株中国大陆CVB5分离株与CVB5原型株(Faulkner株)核苷酸和氨基酸的相似性分别为77.3%～81.6%和93.2%～95.3%。系统进化树显示, 全球CVB5可分为4个不同分支, 分支内核苷酸的平均差异范围在7.3%～13.4%, 氨基酸的平均差异范围在1.9%～3.3%, 分支间核苷酸的平均差异范围在17.0%～22.3%, 氨基酸的平均差异范围为4.2%～4.9%。根据上述分子分型标准, 将全球CVB5划分为A、B、C、D四个基因型。A基因型和C基因型CVB5可能在进化过程中已消失, 不再流行, 而B基因型和D基因型CVB5目前在全球呈现共流行趋势。中国大陆流行的CVB5主要为D基因型, 少部分为B基因型。结论本研究建立了CVB5的分子分型的标准, 并根据该标准将全球CVB5划分为4个基因型, 对进一步了解CVB5的遗传变异变迁规律和进行分子溯源具有重要意义。
