InDel在种间进化关系研究中的解析力初探

作者：刘宇; 李春娟; 闫彩霞; 赵小波; 苑翠玲; 孙全喜; 王娟^*; 单世华^*

来源：花生学报, 2020, 49(04): 1-13.

DOI：10.14001/j.issn.1002-4093.2020.04.001

• 系统发育分析
• 遗传变异
• InDels信息
• 种间进化

系统发育分析是揭示物种间进化关系的重要方法。由于插入/缺失(Insertion/Deletion, InDels)变异情况的复杂性,大多数研究进行系统发育分析时往往只考虑单核苷酸碱基替换(Single nucleotide polymorphism, SNPs),忽略了InDels的遗传变异信息。为揭示InDels在系统发育分析中的解析力,本研究对花生属13个物种叶绿体基因组全序列的遗传变异信息(SNPs和InDels)进行统计和处理,首先依据全部SNPs变异所构建系统树的拓扑结构,确定的NJ树分支系统关系揭示所需SNPs饱和变异数目。结果显示,当SNP数目达到3000个之后,拓扑结构持续保持稳定。研究发现InDels能够增加系统发育树中某些节点的分辨率,但其解析力低于同等数目的SNP的解析力。综上,InDels作为主要遗传变异形式之一,能够为准确解析系统进化关系提供有力支持。

• 出版日期2020
• 单位山东省花生研究所; 中国海洋大学