杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析

作者：王书珍; 张传进; 程华; 方元平; 项俊; 郑永良; 金卫斌

来源：湖北林业科技, 2014, (02): 7-10.

• 杜鹃花
• 微卫星
• 表达序列标签
• 遗传多样性 Rhododendron simsii
• microsatellite
• expressed sequence tag
• genetic diversity

从NCBI数据库下载杜鹃花表达序列标签序列1 323条,去冗余后得到912条EST。采用Tandem repeat finder软件分析,最终在61条EST序列中找到65个SSR位点,出现频率为7.127 2%。二碱基重复是杜鹃花EST内SSR的主要重复类型,占66.153 8%;单碱基和三碱基重复次之,分别占据15.384 6%和9.230 8%。四碱基、五碱基、六碱基类型的SSR相对比较少。多达90.769 2%的SSR位点为完美型微卫星重复。这些富含SSR位点的EST序列将为开发微卫星特异性引物,并用于杜鹃花群体生物多样性和遗传结构分析提供理论依据。

• 出版日期2014
• 单位黄冈师范学院