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摘要
青藤是一种重要的中药材，具有较高的药用价值。目前，对于青藤的分子生物学研究极为有限，基因资源比较匮乏。全基因组的破译将为其分子生物学研究的深入开展提供坚实的基础，而对青藤进行全基因组调查以明确其基因组特征可以为全基因测序方案的制定提供依据。本研究基于Illumina测序平台测定了青藤基因组，结合生物信息学方法得到基因组大小、杂合率、重复序列等特征，并采用SOAPdenovo软件对基因组进行初步组装。过滤得到168.72 G有效数据，青藤基因组大小估计为829.72 Mb；重复序列比率为51.72%，杂合率为0.48%,GC含量为34.57%;K-mer=35进行初步组装得到contigs N50为162 bp，总长为621 033 264 bp,scaffolds N50为489 bp，总长为780 536 487 bp。鉴于青藤基因组高重复序列的特点，其全基因测序可采用Illumina测序技术和Pac Bio测序技术相结合的策略，并采用Hi-C技术以及其相应的组装软件，以此获得青藤全基因组图谱。
- 出版日期2022
- 单位湖南农业大学; 湖南正清制药集团股份有限公司
