面向多肽的分子对接算法性能对比研究

作者：罗浩; 刘宇; 吴思晋

来源：计算机工程与应用, 2017, 53(14): 111-154.

• 多肽对接
• 蛋白质-多肽间相互作用
• 结合位点预测
• 对接优化

蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向,对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能,及进一步进行药物设计有着至关重要的作用。蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用,其对接性能直接决定模拟实验的准确性和成功与否。针对当前主要的蛋白质-多肽对接方法,综合测试了其算法性能;同时将本实验室开发的基于全信息粒子群算法的分子对接工具FIPSDock(Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock)延伸到蛋白质-多肽对接领域,并评估其性能。利用标准蛋白质-多肽对接数据集(pepti DB)的21个测试例及13个定制测试例进行性能测试,主要对比分析了各算法的成功率和对接精度。结果表明FIPSDock可用于蛋白质-多肽对接,并相对于其他对接算法展示出优异的性能。

• 出版日期2017
• 单位大连理工大学