植物抗病基因在进化中形成了几种共有的进化形式。植物祖先抗病基因的复制创造了新基因座。基因间和基因内重组导致了变异 ,也导致了新特异性抗病基因的产生。另外 ,与特异性识别相关的富含亮氨酸重复区顺应于适应性选择。同样 ,类转座元件在抗病基因座中的插入加速了抗病基因的进化。随着抗病基因的进化 ,抗病反应也呈现出多样化 ,代表着植物与病原物动态进化的不同阶段
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