科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
【目的】近年来，油茶（Camellia oleifera）产业发展迅速，已成为中国四大油料之一。油茶良种不断涌现，但品质参差不齐，“同名异物、同物异名”等现象时有发生。建立油茶品种资源的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）分子标记数据库，筛选重要SNP位点，开发油茶品种资源DNA指纹图谱，构建油茶品种资源的分子身份证，为品种鉴别、品种追溯等提供分子水平鉴别技术支撑。【方法】以221份普通油茶品种资源为材料，提取未成熟种子RNA，进行转录组测序。以二倍体南荣油茶基因组为参考，识别供试油茶品种资源的SNP位点并基因分型，利用SNP数据分析油茶群体及亚群的遗传多样性，分析SNP位点的观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量（PIC）等信息，筛选核心SNP位点并采用Sanger测序验证，得到最优SNP位点组合后，结合品种资源基本信息构建油茶品种资源分子身份证。【结果】从油茶转录组中共检测到1 849 953个高质量SNP位点。群体遗传多样性分析发现，油茶群体观测杂合度为0.2966，期望杂合度为0.2462，固定指数为-0.2048,PIC为0.2073，最小等位基因频率为0.1648。参试群体的各亚群间遗传分化较小，存在较高的基因流，主要变异存在于亚群内。根据PIC、连锁不平衡衰退距离（LD）等参数从所有SNP位点中筛选出31个多态性高的核心位点，Sanger测序验证其中8个核心位点基因分型的准确率在91.36%以上。利用核心位点组成DNA指纹图谱，可区分出全部参试油茶品种资源。DNA指纹图谱结合油茶品种资源基本信息，构建成由66位数字组成的油茶品种资源分子身份证。【结论】依据SNP标记的PIC、LD等指标，筛选出31个核心SNP位点，精准区分全部供试油茶品种资源。将31个SNP位点所构建的油茶品种资源DNA指纹图谱与品种资源的起源、资源类型和亚群分布等基本属性信息相结合，构建了每份油茶品种资源唯一的分子身份证，并生成相应的条形码和二维码。
- 出版日期2023
- 单位中国林业科学研究院亚热带林业研究所
