S基因部分序列测序用于新冠病毒变异株快速检测

作者：张瑾; 刘海江; 侯伟; 王巧黎; 杜建森; 徐翮飞; 张娟; 薛晓宁^*

来源：中国国境卫生检疫杂志, 2022, 45(02): 88-162.

DOI：10.16408/j.1004-9770.2022.02.002

• 新冠病毒
• 变异株
• 棘突蛋白
• 一代测序
• 二代测序

目的 建立一种简便快速鉴定新冠病毒变异株的方法。方法 根据新冠病毒变异株的棘突蛋白（spike protein,S）基因序列，在高度保守区域设计特异性引物，从实时荧光RT-PCR阳性样本中提取RNA采用一步法RT-PCR扩增新冠病毒核酸检测阳性的鼻咽拭子样本，用PCR产物直接测序。将测得序列与新冠病毒参考序列的S基因序列进行比对，确定突变位点，再确定变异株类型；同时通过全球共享所有流感数据倡议（Global Initiative of Sharing All Influenza Data,GISAID）数据库进行同源性分析，根据吻合度最高的病毒序列确定变异株类型，与二代测序结果比较，评价方法的准确性。结果 20份经荧光定量RT-PCR检测确认为新冠病毒核酸阳性的鼻咽拭子样本，其中13份用一步法RT-PCR扩增到新冠病毒S基因部分序列，PCR产物全部测序成功，确定的变异株类型与二代测序获得全序列后进行的病毒毒株分类完全吻合。结论 S基因部分序列一代测序可准确检测新冠病毒的主要突变株，为实验室提供快速、简便的新冠病毒变异监测策略。

• 出版日期2022